Παραδόξως, πολλοί άνθρωποι που έχουν ημικρανία μπορεί για χρόνια να πιστεύουν ότι έχουν έναν άλλο τύπο πονοκέφαλου και ένας από τους πιο συχνούς "υπόπτους" είναι η ιγμορίτιδα.

Πολύ συχνά μάλιστα, στα ειδικά ιατρεία κεφαλαλγίας προσέρχονται άνθρωποι με ημικρανία που για πολλά χρόνια πιστεύουν ότι κάποια ιγμορίτιδα που πέρασαν στο παρελθόν ή κάποια υποτροπιάζουσα χρονία ιγμορίτιδα ή ακόμη και μια χρόνια αλλεργική ρινίτιδα είναι η αιτία των πονοκεφάλων τους. Συχνά αυτή η εξήγηση μπορεί να έχει δοθεί ακόμη και από γιατρό.  Ωστόσο, ο πονοκέφαλος της ημικρανίας είναι εντελώς διαφορετικός από τον πονοκέφαλο από ιγμορίτιδα και σε καμμία περίπτωση δεν θα έπρεπε να συγχέονται.

Καταρχάς, η χρόνια ιγμορίτιδα (ιγμορίτιδα που επιμένει για πολύ καιρό) δεν προκαλεί δυνατό πονοκέφαλο, αλλά, στη χειρότερη περίπτωση, ελαφρύ πονοκέφαλο και ζάλη, που μπορεί να επιδεινώνονται με τη αλλαγή της θέσης του κεφαλιού ή με το σκύψιμο. Από την άλλη πλευρά, η οξεία ιγμορίτιδα μπορεί να προκαλέσει δυνατό πονοκέφαλο, αλλά αυτός έχει εντελώς διαφορετική εικόνα από την ημικρανία και μπορεί να συνοδεύεται από πυρετό, ευαισθησία πάνω από το προσβεβλημένο ιγμόρειο, ύπαρξη αυξημένων ρινικών εκκρίσεων. Ο πόνος της ιγμορίτιδας, αν και μπορεί να αντανακλά στο κεφάλι, θα κρατήσει λίγες ημέρες και μετά τη θεραπεία ή την ύφεση της ιγμορίτιδας θα υποχωρήσει.

Ο πόνος της ημικρανίας, που περιγράφεται σε άλλη ενότητα αυτής της ιστοσελίδας (δείτε περισσσότερα εδώ), έχει εντελώς διαφορετικά χαρακτηριστικά από τον πόνο της ιγμορίτιδας. Παρά το ότι μερικές φορές η ημικρανία μπορεί να εντοπίζεται σε περιοχές που συχνά αφορούν την ιγμορίτιδα, όπως για παράδειγμα το πρόσωπο ή και το μάγουλο ακόμη, ο υποτροπιάζοντας χαρακτήρας, η ενόχληση από φως και ήχους αλλά και η εναλασσόμενη εντόπιση είναι κάποια από τα τυπικά ημικρανικά χαρακτηριστικά που δεν συναντώνται στην ιγμορίτιδα.